Kansallisoopperan ja -baletin toimintaa ohjaa Suomen kansallisooppera ja -baletti sr. Sääntöjen mukaan säätiön toimielimet ovat hallitus ja hallintoneuvosto sekä toimitusjohtaja, jota nimitetään pääjohtajaksi.
Kolmivuotisella toimikaudellaan hallitus vastaa säätiölain mukaisesti varojen käytöstä, johtajien nimityksistä, strategiasta ja ohjelmistopolitiikasta. Hallintoneuvoston tehtävänä on säätiön hallinnon valvominen, toimintakertomuksen ja tilinpäätöksen vahvistaminen sekä yhteiskuntasuhteiden ylläpitäminen.